Os núcleos temáticos se constituem como organização estratégica que busca atender aos clamores dos povos e do bioma Amazônia, com contínuo diálogo com as lideranças nos territórios e com os organismos parceiros na defesa da vida na Amazônia, por meio de temas, públicos e serviços prioritários articulados em rede. Os núcleos são coordenados por lideranças do território e contam com a participação e o apoio da Assessoria Temática, assim como as linhas de serviços transversais e o acompanhamento da Secretaria Executiva da REPAM-Brasil.
Os núcleos em que se distribuem as propostas de atuação da REPAM-Brasil são:
